无菌医疗器械产品的生产需要在洁净区内进行。为确保产品无菌性能和安全性，微粒和微生物是洁净区生产环境控制的主要对象。必须对洁净区的环境控制进行风险评估。
一、尘埃粒子数的控制
对洁净室尘埃粒子数的控制，空气净化系统起着非常关键的作用。空气洁净度要求为100000级时，采用非单向流，换气次数大于15次/小时，以便及时带走生产过程中产生的尘埃和粉尘，保持洁净室环境的洁净度。每周须对清洁后的洁净室在静态条件下进行尘埃粒子数的检测。以评价和掌握洁净室尘埃粒子的含量，确保控制在规定范围之内。
二、压差的控制
严格控制洁净室与相邻房间之间的压差同样是保证生产房间空气洁净度的重要环节。不同洁净级别的洁净室及洁净区与非洁净区之间的压差应大于5帕斯卡，洁净区与室外压差应大于10帕斯卡，且送风、回风和排风系流的启闭应联锁并按顺序操作,这样可以避免空气倒流，减少低级别尘埃对洁净室环境的污染。
三、微生物含量的控制
控制洁净室环境中的微生物含量仍然是靠良好的空气净化系统设施，其过滤效率可以达到99.9%～99.99%地滤除空气中的和尘埃。洁净室沉降菌的记录要求每周一次，由化验室人员负责。以评价和掌握洁净室的含量，确保控制在规定范围之内。
四、温湿度的控制
生产中洁净室内温度严格控制在18～28℃、相对湿度控制在45%～65%，以破坏有利于的生长条件，加之液的清洁，确保环境控制效果符合规定。温湿度的记录要求每班不少于两次，由专人负责。以评价和掌握的洁净室温湿度，确保控制在规定范围之内。
五、日常液
每天生产结束后，用75%酒精或2%新洁尔灭溶液擦拭机台、桌面、门窗、墙壁等，每月，用75%酒精或2%新洁尔灭溶液对洁净室内所有设施表面及顶棚、照明等表面进行擦拭，目的是杀死因生产过程中产生的繁殖体，控制洁净室内微生物含量。
定期检测。定期采用空气采样器、表面采样器等设备对车间进行采样，然后送到实验室进行检测。根据检测结果，及时采取措施进行调整。
六、加强清洁。
定期对车间进行清洁，包括地面、墙面、设备等。同时，还可以采用紫外线灯、臭氧等设备对车间进行。这些措施若仅能控制洁净室内空气中的量及杂菌种类或在梅雨季节霉菌较多时，就采用臭氧进行环境才能达到无菌效果，而且只有这样才能杀死、杂菌芽孢。每个生产周期结束，下个周期生产前对有无菌要求的洁净室先进行液。臭氧气体技术不仅对不易杀死的霉菌有很好的效果，而且对环境中的芽孢杀灭效果较好。操作时需要注意：首先保证臭氧浓度要达到十万级房间体积10mg/立方米的比例；另外，房间时间不少于30分钟。
七、减少操作人员对无菌环境的影响
人是无菌环境的污染源，因此，在洁净区工作的人员及操作室内人员的多少，操作动作的幅度及工作服的式样、质地、穿戴等对微粒和的含量有明显的影响。维护好无菌环境要做到以下两个方面：严格控制洁净工作服的面料、式样、穿戴、清洗、周期等；十万级洁净区必须穿戴洁净工作服。严格控制操作人员数量、约束人员的行为，保证洁净区的净化级别。
加强人员培训。工作人员需要接受相关培训，了解微生物的传播途径和防护措施。同时，还需要定期进行考核，以确保工作人员的操作规范和卫生习惯。