1、风管位置布置和其他管线位置冲突，甚至送回风管相互冲突。
2、工艺设备与进回风口位置矛盾，设备阻挡进回风口，影响风流，从而影响微生物和微粒控制及出现温度变化梯度。
3、工艺设备本体散热、废油气排放，此项与设备选型订货有关、若考虑不周，后续改造较困难。
4、空调水系统过滤位置，主机供货商一般要求进出水口另设过滤保护主机。
5、恒温、恒湿间风流设计，不宜采取风口送回风，会有温湿度不均匀现象。
6、净化级别不同区域人流、物流组织不畅，甚至交叉。活菌区和无菌区人流、物流组织不畅，甚至交 叉;物料、半成品、成品及其不合格品的堆放不合理，甚至没有堆放场所。
7、工艺设备本身排风，会造成局部风量不平衡，改变气流，特别注意有轴流风机部位，轴流风机噪音消除也应重视。
8、工艺设备数量不确定的空调系统宜预留足够余量。应考虑增加的工艺设备本身散热。
9、各种水电预留管线位置、容量与工艺设备的配套 情况。
10、灯具位置和风口位置发生冲突。
11、消防排烟管道和送回风管道的连锁，排烟管道 将不同洁净区联通，甚至将无菌区和活菌区联通等;
12、排风管道直接将净化无尘车间和外界串通，甚至将有毒有害气体直接排入大气。
13、洁净区的排水(地漏及其它工艺排水)往往被 设计忽视，这样就无意中将洁净间和外界串通，给净化无尘车间带来风险。净化无尘车间的万级以上区域通常要避免地漏，其它洁净间地漏也要求设空气破除装置，并且平时要求封闭，使用必须有严格的操作SOP。设备、水池等排水也要求设空气破除装置避免空气、水倒灌给净化无尘车间带来风险。
14、净化无尘车间的万级以上区域风管通常需要设置检修清洗口，风管中采用圆形倒角和转弯以避免死 角，但在国内设计中通常被忽视。