预付保函又称还款保函及退款保函，在贸易合同中还可以称为定金保函。在大额交易中，买方或业主在合约签订后的一定时间内预先需向供货方支付一定比例的款项作为执行合同的启动资金，由于该款项是对供货方在履约之前所作的预付，买方为了避免日后由于供货方拒绝履行义务或者无法履行义务，却不退款而无端遭到损失，通常要求供货方在买方预付之前的若干日内通过其银行开出预付保函，由银行作出承诺，一旦申请人未能履约或者是无法全部履约（不管这种行为是有意的或者是无意造成的），担保行将在收到买方提出的索赔后，向其返还这笔与预付金额等值的款项，或者相当于合约尚未履行部分相当比例的预付金额，使买方能够顺利的收回所预付的款项。
投标保函适用于所有公开招标、议标时，业主要求投标人缴纳投标保证金的情况。 招标人为避免投标人在评标过程中改标、撤标，或中标后拒签合同而给自身造成损失，通常都要求投标人缴纳投标保证金，以制约对方行为。投标保函是现金保证金的一种良好的替代形式。
保函的主要区别： 保证是民法上的责任，是区别于物保的人的担保，是第三人和债权人约定，当债务人不履行或者不能履行其债务时，该第三人按照约定或法律规定履行债务或者承担责任的担保方式，分为一般保证和连带保证；保函是国际经济法上的责任，国际海上货物运输在《汉堡规则》中规定，托运人为了换取清洁提单可向承运人出具保函，保函只在托运人与承运人之间有效。我国海商法没有关于保函的规定，实践中参照以上规定。
海关风险保证金保函 是指企业在开展加工贸易业务中需要向海关缴纳风险保证金时，向银行申请出具以海关为受益人的保函业务。