传染病消毒是用物理或化学方法消灭停留在不同的传播媒介物上的病原体，藉以切断传播途径，阻止和控制传染的发生。其目的：
（1）防止病原体播散到社会中，引起流行发生。
（2）防止病者再被其他病原体感染，出现并发症，发生交叉感染。
（3）同时也保护医护人员免疫感染。
仅靠消毒措施还不足以达到以上目的。须同时进行必要的隔离措施和工作中的无菌操作，才能达到控制传染之效。
药物消毒法
1）厕所、马桶、垃圾可用3%的漂白粉或2%氯酸钠上清液喷酒消毒，便具应浸泡1小时；患者的呕吐物及排泄物应用1%-20%双量的漂白粉充分拌匀后入置2小时。
2）房屋地面、门、窗、家具、玩具、运送工具等，可用0.2%-0.5%的过氧乙酸(过醋酸)喷雾或淋洗消毒；并按0.75-1克/立方米喷雾后密闭30分钟熏蒸。可作为居室和暴露物品表面及空气的消毒。
3）患者家属及接触者的双手可用0.2%过氧乙酸液浸泡2分钟，或用肥皂、流水冲洗数遍。
4）衣服、被褥、书籍、报纸、体验单、病历、人民币等均可用100毫升/立方米的甲醛密闭熏蒸12-24小时。
物理消毒法
1）高压蒸汽消毒法：通常采用98.066千帕压力与121-126°C温度10-15分钟，可杀灭各型肝炎病毒；采用蒸笼蒸煮或家用高压锅，待冒气盖阀后20分钟，即可达到消毒效果
2）煮沸消毒法：在100°C的温度下煮1分钟，就能使乙、丙、丁、戊型及甲型肝炎病毒失去活力和传染性；煮沸15-20分钟以上，可将各型肝炎病毒杀灭。
本法适合于食具、护理用具及棉织品的消毒。至于塑料制品、合成纤维及皮毛制品则不适合。新洁尔灭、氯已定（洗必泰）不能肯定，度米芬、来苏、石炭酸、米醋、熏醋对乙型肝炎病毒无作用。此外，肝炎患者的剩饭剩莫须有也要煮沸消毒后再弃去。
3）阳光曝洒法：凡不能蒸煮的物品，则宜采用本法，一般曝晒6小时以上。
4）焚烧法：患者污染并丢弃的杂物、一次性医护用品、垃圾（包括月经纸、手纸）等均应焚烧掉，以达彻底消毒之目的。
卫生防疫方面要求
不同条件下传播机会不同，在防疫方面要求不同。传染病流行时，发病严重的疫区，应集中应用效力好的药物与器械。发病少的外围地区，可采用简易消毒方法。传染病院或病房，患者集中，污染严重，消毒量大，应采用固定设备和高效措施，病家消毒属于临床措施，工作量小，可采用简易措施及方法。饮水应在净化基础上煮沸，生活用水净化后加氯消毒即可。对呼吸道传染病，强调空间隔离，通风和合理的带口罩，对肠胃道病应强调用具，粪便、呕吐物消毒和接触后洗手。不同病种的消毒，应注意区别对待。病毒性肝炎患者，应用较强含氯消毒剂或氯人剂消毒，不宜应用季胺盐及来苏等一般消毒剂处理。
在消毒工作时还须注意影响消毒的因素，如消毒剂量（包括消毒的强度及作用时间），消毒物品污染的程度，消毒的温度，湿度及酸碱度，有关化学拮抗物，消毒剂的穿透力及表面张力等。