高水平消毒
杀灭一切细菌繁殖体包括分枝杆菌、病毒、真菌及其孢子和绝大多数细菌芽孢。达到高水平消毒常用的方法包括采用含氯制剂、二氧化氯、邻苯二甲醛、过氧乙酸、过氧化氢、臭氧、碘酊等以及能达到灭菌效果的化学消毒剂在规定的条件下，以合适的浓度和有效的作用时间进行消毒的方法。
疫源地消毒
是指有传染源（病者或病原携带者）存在的地区，进行消毒，以免病原体外传。疫源地消毒又分为随时消毒和终末消毒二种。随时消毒是指及时杀灭并消除由污染源排出的病原微生物而进行的随时的消毒工作。
终末消毒是指传染源住院隔离，痊愈或死亡后，对其原居地点进行的彻底消毒，以期将传染病所遗留的病原微生物彻底消灭。在医院中传染源停止隔离出院后，对物品及病房的消毒亦为终末消毒。
不同的传播机制引起的传染病，消毒的效果有所不同。肠胃道传染病，病原体随排泄物或呕吐物排出体外，污染范围较为局限，如能及时正常地进行消毒，切断传播途径，中断传播的效果较好。呼吸道传染病，病原体随呼吸、咳嗽、喷嚏而排出，再通过飞沫和尘埃而播散，污染范围不确切，进行消毒较为困难。须同时采取空间隔离，才能中断传染。虫媒传染病则采取杀虫灭鼠等方法。
消毒应考虑当地条件
在室内消毒时，密闭性好的房屋，可用熏蒸消毒，密闭性差者应用消毒液擦试或喷洒。通风良好的房屋，可用通风换气法消毒，通风换气不良，污染空气长期贮留处应当用药物熏蒸和喷洒。人口稠密地区不可用刺激性强气体消毒。接近火源不宜用环氧乙烷等易燃物消毒。