病原体的种类
不同传染病病原体各有特点，对不同消毒方法的耐受性不同。如细菌芽胞对各种消毒措施的耐受力最强，必须用杀菌力强的灭菌剂、热力或辐射处理，才能取得较好效果。故一般将其作为最难消毒的代表。其他如结核杆菌对热力消毒敏感，而对一般消毒剂的耐受力却比其他细菌为强。真菌孢子对紫外线抵抗力很强，但较易被电离辐射所杀灭。肠道病毒对过氧乙酸的耐受力与细菌繁殖体相近，但季胺盐类对之无效。肉毒杆菌素易为碱破坏，但对酸耐受力强。至于其他细菌繁殖体和病毒、螺旋体、支原体、衣原体、立克次体对一般消毒处理耐受力均差。常见消毒方法一般均能取得较好效果。
疫源地消毒
是指有传染源（病者或病原携带者）存在的地区，进行消毒，以免病原体外传。疫源地消毒又分为随时消毒和终末消毒二种。随时消毒是指及时杀灭并消除由污染源排出的病原微生物而进行的随时的消毒工作。
终末消毒是指传染源住院隔离，痊愈或死亡后，对其原居地点进行的彻底消毒，以期将传染病所遗留的病原微生物彻底消灭。在医院中传染源停止隔离出院后，对物品及病房的消毒亦为终末消毒。
传染病消毒是用物理或化学方法消灭停留在不同的传播媒介物上的病原体，藉以切断传播途径，阻止和控制传染的发生。其目的：
（1）防止病原体播散到社会中，引起流行发生。
（2）防止病者再被其他病原体感染，出现并发症，发生交叉感染。
（3）同时也保护医护人员免疫感染。
仅靠消毒措施还不足以达到以上目的。须同时进行必要的隔离措施和工作中的无菌操作，才能达到控制传染之效。
药物消毒法
1）厕所、马桶、垃圾可用3%的漂白粉或2%氯酸钠上清液喷酒消毒，便具应浸泡1小时；患者的呕吐物及排泄物应用1%-20%双量的漂白粉充分拌匀后入置2小时。
2）房屋地面、门、窗、家具、玩具、运送工具等，可用0.2%-0.5%的过氧乙酸(过醋酸)喷雾或淋洗消毒；并按0.75-1克/立方米喷雾后密闭30分钟熏蒸。可作为居室和暴露物品表面及空气的消毒。
3）患者家属及接触者的双手可用0.2%过氧乙酸液浸泡2分钟，或用肥皂、流水冲洗数遍。
4）衣服、被褥、书籍、报纸、体验单、病历、人民币等均可用100毫升/立方米的甲醛密闭熏蒸12-24小时。