制作香肠必不可少的就是用肠衣了，猪肠衣和羊肠衣就是经常用到的两种肠衣制品。
猪肠衣就是用猪肠子制作而成的，而羊肠衣自然就是使用羊肠子制作而成的，一个非常大的区别就是来源不同呗。一般来说，灌肠当然是选择猪肠衣为好，因为猪肠衣的可扩容性比较好，不容易破掉，而且猪肠衣没有那么大的味。猪肠衣是最常见的，口感也非常的好，适合制作一些红肠之类的。而羊肠衣因为本身比较细、软、薄，就特别适合制作小烤肠之类的。
肠自内向外分成粘膜、粘膜下层、肌层和浆膜4层。根据畜别和加工成品的不同要求，对上面四层的处理也不一样。品质优良的肠衣应是坚韧半透明的。现在肠衣多为胶原蛋白可食用肠衣。
用猪、牛、羊肠衣灌制的香肠，加不予染色，人们可以用肉眼看到香肠的馅料。肠衣的透明度以山羊肠衣为佳。其次是绵羊肠衣、猪肠衣，牛肠衣的透明度更差些。因猪、牛、羊小肠的衣膜具有透明这一特点，故利用它来灌制的香肠给人们以清洁卫生的感觉，增加了人们对香肠的食欲。
尽量不要吃香肠的外皮，因为香肠在制作时是要在露天晾晒的，香肠的外皮上会粘上尘土；如果想吃的话，就用水冲洗一下，蒸一蒸再吃。